Ответ разделю на две условные позиции, потому как нужно ответить и со стороны нанимателя и со стороны наймодателя.

1. Почему наймодатель иногда не хочет воспользоваться услугами агента? Тем более, что они бесплатны для него.

- Не всё в порядке с документами на собственность или вообще отсутствуют.
- Прошлый опыт. Обратился в агентство, квартира простояла месяц, собственник остался недовольным.
- Жалко нанимателей (платить столько много агентствам)

2. Почему наниматель иногда не желает обратиться за помощью к агенту?
- Отсутствие понимания, зачем вообще нужен специалист? Вследствие чего, восприятие агента, как врага народа, а никак союзника.

Моё личное мнение:
Если наниматель, снимает жильё через агента и оплачивает комиссионные, для собственника это плюс. Теперь ценность арендуемого жилья для нанимателя выше, ведь помимо платы за наём, он ещё заплатил агентству.
Наниматель получает юридическую проверку документов, правильно заполненный договор найма и присутствие третьих лиц при составлении договора найма, и если что-то случится, они могут быть свидетелями.

И сама постановка вопроса не совсем верна. 
Многие собственники сдают только через агентов, например со мной работают именно такие собственники. 
И многие наниматели, особенно Семьи предпочитают работать только с агентом, а не искать напрямую.